扩增子测序的基本步骤:
DNA提取:从环境样品中提取总DNA,包括微生物群落中的细菌、真菌、古菌和其他微生物的DNA。
扩增目标基因:选择适当的目标基因进行扩增,常用的目标基因包括16S rRNA(细菌和古菌)和18S rRNA(真菌)。
扩增子文库构建:使用PCR反应,使用目标基因特异性引物扩增样品中的目标片段。引物通常包含通用引物序列和样品特异性序列。
高通量测序:将扩增子文库进行高通量测序,通常使用Illumina测序平台。这可以产生大量的短序列读段,每个读段对应于扩增子文库中的一个DNA片段。
数据分析:对测序得到的数据进行生物信息学分析。包括序列质量控制、去除引物序列和低质量序列、聚类生成操作分类单元(OTU)或基因型,计算微生物群落的多样性指标、物种丰度和群落结构等。
扩增子测序的优点在于它能够同时分析多个样品,提供高通量、快速、准确的微生物群落分析。它可以帮助我们了解微生物群落的组成、丰度、多样性和功能潜力等。此外,扩增子测序还可应用于不同环境中的微生物群落研究,如土壤、水体、肠道、口腔等。
分析内容:
结果示例: