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扩增子测序

扩增子测序(amplicon sequencing)是一种用于分析环境样品中微生物群落结构的高通量测序方法,它主要通过扩增和测序特定的基因或基因片段来研究微生物群落的多样性和组成。
  • 扩增子测序的基本步骤:

    DNA提取:从环境样品中提取总DNA,包括微生物群落中的细菌、真菌、古菌和其他微生物的DNA。

    扩增目标基因:选择适当的目标基因进行扩增,常用的目标基因包括16S rRNA(细菌和古菌)和18S rRNA(真菌)。

    扩增子文库构建:使用PCR反应,使用目标基因特异性引物扩增样品中的目标片段。引物通常包含通用引物序列和样品特异性序列。

    高通量测序:将扩增子文库进行高通量测序,通常使用Illumina测序平台。这可以产生大量的短序列读段,每个读段对应于扩增子文库中的一个DNA片段。

    数据分析:对测序得到的数据进行生物信息学分析。包括序列质量控制、去除引物序列和低质量序列、聚类生成操作分类单元(OTU)或基因型,计算微生物群落的多样性指标、物种丰度和群落结构等。

    扩增子测序的优点在于它能够同时分析多个样品,提供高通量、快速、准确的微生物群落分析。它可以帮助我们了解微生物群落的组成、丰度、多样性和功能潜力等。此外,扩增子测序还可应用于不同环境中的微生物群落研究,如土壤、水体、肠道、口腔等。

    分析内容:

     

     

    结果示例: